1. Московская железная дорога
2. Центральная дирекция управления движением
3. Трансэнерго
4. Дирекция железнодорожных вокзалов
5. Центр фирменного транспортного обслуживания
6. Центральная дирекция пассажирских обустройств
7. Управление учета операций по банковским счетам и расчетных операций
8. Центральная дирекция здравоохранения
9. Центральная дирекция закупок и снабжения
10. Дирекция тяги
11. Департамент по взаимодействию с федеральными и региональными органами власти
12. Департамент корпоративных финансов
13. Департамент технической политики
14. Департамент управления персоналом
15. Департамент экономики
16. Центр внутреннего контроля и управления рисками
17. Административно-организационный аппарат
18. Департамент корпоративного управления
19. Департамент зарубежных проектов и международного сотрудничества
20. Департамент социального развития
21. Департамент корпоративного имущества
22. Дирекция по ремонту тягового подвижного состава
23. Департамент корпоративных коммуникаций
24. Центральная дирекция инфраструктуры
25. Департамент капитального строительства
26. Роспрофжел
27. Центральная дирекция моторвагонного подвижного состава
28. Дирекция скоростного сообщения
29. Правовой департамент
30. Департамент пассажирских перевозок
